GBI The Seed Yogyakarta resmi didirikan pada 7 Desember 2009, lahir dari visi kuat untuk menjangkau dan memuridkan generasi muda dari berbagai latar belakang. Nama “The Seed” dipilih untuk menggambarkan harapan akan pertumbuhan rohani besar dari awal yang sederhana. Pelayanan ini dimulai bersama 7 hingga 12 anak muda dari berbagai daerah di Indonesia, dan komitmen merekalah yang menjadi fondasi pertumbuhan dan dampak gereja hingga kini. Visi kami adalah membawa Gereja Tuhan memiliki pikiran Kristus. Untuk mewujudkannya, kami mengusung misi: memiliki pengenalan yang benar akan Kristus secara Alkitabiah, menghidupi kasih mula-mula secara apostolik dan profetik, berorientasi pada jiwa-jiwa yang terluka, baik lama maupun baru, membangun doa, pujian, dan penyembahan yang kuat melalui pemulihan Pondok Daud, menanam gereja-gereja lokal yang solid berdasarkan pola gereja mula-mula, menjadi gereja yang misionaris, serta menghasilkan jemaat yang berdampak di tujuh pilar Kerajaan Allah, yaitu spiritual, keluarga, pemerintahan, olahraga, hiburan, dunia usaha, dan media.